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微軟 BioEmu-1 推動藥物研發:從“單幀畫面”到“電影”,AI 精準預測蛋白質結構變化

來源: 責編: 時間:2025-03-03 11:54:17 45觀看
導讀 3 月 1 日消息,微軟研究院于 2 月 20 日發布博文,宣布推出 AI 模型 BioEmu-1,能夠預測蛋白質隨時間推移的運動和形狀變化,在生物醫學、藥物發現和結構生物學領域帶來新可能。借助 AI 探究蛋白質從形成肌肉纖維到

3 月 1 日消息,微軟研究院于 2 月 20 日發布博文,宣布推出 AI 模型 BioEmu-1,能夠預測蛋白質隨時間推移的運動和形狀變化,在生物醫學、藥物發現和結構生物學領域帶來新可能。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

借助 AI 探究蛋白質

從形成肌肉纖維到保護我們免受疾病侵害,在幾乎所有生物過程中,蛋白質都發揮著至關重要的作用。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

科學家近年來利用深度學習,在研究蛋白質結構方面已取得重大進展,能夠根據氨基酸序列準確預測蛋白質結構。然而,僅從氨基酸序列預測單一蛋白質結構就像觀看電影的單幀畫面,只提供了一個高度靈活分子的截圖。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

微軟 BioEmu-1

不同于 DeepMind 的 AlphaFold 專注于確定靜態蛋白質結構,BioEmu-1 模擬蛋白質在不同構象之間的動態轉換,為理解蛋白質運動、設計有效治療方案提供了新的工具。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

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AlphaFold 3 在結構生物學領域取得了重大進展,改進了蛋白質與 DNA、RNA 和小分子的相互作用模型,但它無法預測蛋白質隨時間的變化。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

BioEmu-1 彌補了這一不足,它可以生成多個可能的構象,而不僅僅是單一的最佳擬合結構,這在藥物開發中尤為重要。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

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BioEmu-1 利用生成式深度學習,從大型數據集中學習模式,然后生成與這些模式一致的新樣本,通過結合靜態蛋白質結構、分子動力學模擬數據和實驗穩定性數據進行訓練。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

BioEmu-1 的核心機制是一個擴散模型,它迭代地生成蛋白質結構并根據學習到的約束條件提高其準確性。BioEmu-1 的關鍵輸出是平衡系綜的預測和自由能預測。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

BioEmu-1 使用三種類型的數據集進行訓練:(1)AlphaFold 數據庫 (AFDB) 結構;(2)廣泛的 MD 模擬數據集;(3)實驗性蛋白質折疊穩定性數據集。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

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通過這些數據集的訓練,BioEmu-1 可以識別蛋白質序列映射到多個不同結構,預測合理的結構變化,并學習以正確的概率對折疊和未折疊結構進行采樣。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

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BioEmu-1 每小時可生成數千個蛋白質結構樣本,相比需要數周時間的傳統分子動力學模擬,顯著加快了研究速度并降低了計算成本,其預測自由能的誤差幅度在 1 kcal / mol 以內,與傳統分子動力學模擬相當,但計算成本卻顯著降低。Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

附上參考地址Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

Exploring the structural changes driving protein function with BioEmu-1 Jdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

Microsoft’s New BioEmu-1 AI Model Can Predict How Proteins Move and ChangeJdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

Scalable emulation of protein equilibrium ensembles with generative deep learningJdt28資訊網——每日最新資訊28at.com

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